Johne’s Disease atau Paratuberkulosis adalah penyakit Mycobacterial  pada sapi yang disebabkan oleh Mycobacterium aviumparatuberculosis (MAP) atau Mycobacterium johnei. MAP sendiri berbentuk batang, tahan asam atau acid fast bacilli (AFB), berukuran 0,5 – 1,5 mikron dan membentuk kelompok (3 atau lebih bacilli). MAP tidak berkembang biak pada lingkungan, namun MAP dapat hidup dalam tanah dan air selama lebih dari 1 tahun, dalam keadaan dingin atau kering. MAP juga resisten dalam kotoran hewan/pupuk kandang pada suhu yang rendah.

Tifus unggas disebabkan oleh bakteri Salmonella gallinarum. Penularan Agen penyakit ini ditularkan melalui kotoran dan dapat hidup selama beberapa bulan di tanah, debu atau tempat hewan tidur. Bila terkena sinar matahari langsung, agen ini akan segera mati. 

Berbagai macam cacing dapat ditemukan dalam system pencernaan ayam :

produktivitas dan kadang menyebabkan anemia. Parasit eksternal juga dapat menjangkitkan penyakit menular seperti Cacar Ungas (Fowl Pox).Bagian ini menjelaskan tentang serangan parsit eksternal yang paling lazim terjadi agar petugas dapat mengidentifikasi dan mengendalikan serangan.